No Brasil Central, área core do Cerrado, formações savânicas que ocorrem em relevo plano e solos profundos (Cerrado Típico – CT) têm sido largamente convertidas em ecossistemas agropastoris. Por outro lado, formações savânicas em relevo íngreme e solos rasos e com afloramentos de rocha (Cerrado Rupestre – CR) têm sido apontadas como futuros refúgios de biodiversidade na região. Neste estudo, comparamos as composições florística (presença/ausência) e florístico-estrutural (ocorrência e abundância) e a diversidade alfa de espécies lenhosas entre CT e CR (10 amostras de 1 ha em cada) e apontamos as implicações dos nossos achados para a conservação desses ambientes. Adicionalmente, investigamos a relação da variação na composição florístico-estrutural com variáveis geoedafoclimáticas para desvendar as causas desta dissimilaridade. Encontramos que sítios adjacentes de CT e CR diferem em relação à composição florístico-estrutural, mas não em ocorrência e diversidade alfa de espécies. Nossos resultados mostraram também que a dissimilaridade florístico-estrutural está correlacionada com as variáveis geoedafoclimáticas e corresponde, principalmente, às variações nos solos (principalmente disponibilidade de nutrientes) e na topografia (relevo e altitude). Estes resultados têm implicações cruciais à conservação, pois tornam claro que CT e CR são complementares, mas não equivalentes em termos da representatividade da vegetação savânica no Brasil Central. Sugerimos que isso seja considerado em iniciativas de conservação e na criação ou ampliação de Unidades de Conservação. Nossos achados também revelaram que o componente edáfico pode, por si só, explicar a maior parte da variação florístico-estrutural entre ambientes savânicos do Cerrado cujos substratos sejam distintos.