Os frutos das espécies nativas do cerrado oferecem um elevado valor nutricional, além de atrativos sensoriais como, cor, sabor e aroma peculiares e intensos, ainda pouco explorados comercialmente. O baru (Dipteryx alata Vog.), árvore da família Leguminosae, é uma fruteira amplamente disseminada no Cerrado. O araticum (Annona crassiflora Mart.) é uma espécie frutífera da família Annonaceae, nativa da região do Cerrado, muito estudada atualmente em diversas áreas. Os objetivos deste estudo foram: a) estudar a variabilidade genética de acessos de baru com base em características morfológicas e com base em análise de DNA por marcadores moleculares RAPD e Microssatélites; b) estudar a variabilidade genética da coleção de trabalho de acessos de araticum, utilizando características morfológicas e marcadores moleculares RAPD e Microssatélites. Folhas de 10 acessos de baru e 18 acessos de araticum da coleção de trabalho da Embrapa Cerrados foram coletadas e o DNA genômico extraído utilizando o método do CTAB, com modificações. Amostras de DNA de cada material genético foram amplificadas via Reação em Cadeia da Polimerase para obtenção de marcadores moleculares RAPD e Microssatélites. Foram avaliadas 15 características morfológicas quantitativas do baru e 23 características morfológicas categóricas de baru e de araticum. As análises das amostras de DNA demonstraram grande diversidade genética entre os acessos. Os trabalhos de caracterização morfológica e molecular mostraram a importância dos diferentes grupos de características para avaliar a variabilidade genética dos acessos.Observou-se que o ambiente pode ter interferido muito nas características morfológicas dos acessos. Estudos de variabilidade genética utilizando apenas características morfológicas avaliadas in situ podem não ser adequados devido à grande influência ambiental sobre tais características. Os acessos de baru e araticum avaliados são importantes fontes de variabilidade para enriquecimento da atual coleção de trabalho da Embrapa Cerrados. Os resultados obtidos nesse trabalho sugerem que a análise das progênies ou de matrizes clonadas em diferentes ambientes assume importância estratégica para futuros estudos de caracterização morfo-agronômica de germoplasma.