Até a década de 1960, o grupo era conhecido como “Canoeiro” na literatura, em razão da grande habilidade na utilização de canoas nos primórdios do contato com os colonizadores. Segundo Couto de Magalhães, que teve a oportunidade de recolher um vocabulário junto a um casal do grupo no Aldeamento Estiva, em 1863, quando era Presidente da Província de Goiás, os Canoeiro “tem esse nome, por se terem tornado célebres os seus ataques contra os navegantes do (Rio) Maranhão, a quem acometiam em levíssimas ubás e com agilidade tal, que chegavam sem ser pressentidos, retirando-se sem sofrer dano”.

O antropólogo André Toral mostrou que o termo “Avá-Canoeiro” consolidou-se na imprensa entre 1969 e 1973, na ocasião da ativação de duas frentes de atração simultâneas pela FUNAI nos rios Araguaia e Tocantins. Ao termo “Canoeiro” foi adicionada a palavra “Avá”, que havia sido recolhida junto aos Avá-Canoeiro por Couto de Magalhães, um século antes, como sendo o etnônimo do grupo.

Os Avá-Canoeiro autodenominam-se Ãwa, palavra que, “como em outras línguas tupi-guarani, significa gente, pessoa, ser humano, homem adulto” (Teófilo da Silva, 2005:14).

Na região do Araguaia, os Avá-Canoeiro são mais conhecidos regionalmente como “Cara Preta”, nome que talvez tenha alguma relação com a origem do grupo, que foi motivo de debates na literatura, não tendo se chegado, ainda, a uma resposta definitiva. Alguns autores (Cunha Mattos, Couto de Magalhães, Rivet) alegaram que os Canoeiro eram descendentes dos Karijó de São Paulo, nome genérico dado aos índios de língua tupi-guarani trazidos de São Paulo pelo bandeirante Bartolomeu Bueno Filho, o segundo Anhanguera, conhecido como o descobridor da Capitania de Goiás.