O objeto desta tese são as contradições e os desafios das políticas públicas no desenvolvimento da agroenergia. Analisa-se o contexto e indicativos de sustentabilidade nas regiões produtoras. Parte-se das contradições entre as diretrizes do Plano Nacional de Agroenergia (PNA) e do Programa Nacional de Produção e uso do Biodiesel (PNPB) tendo-se como referencial o Desenvolvimento Regional Sustentável (DRS). Delimita-se o estudo no âmbito de quatro microrregiões homogêneas selecionadas no contexto da expansão da produção de álcool e de biodiesel da soja no bioma Cerrado, nos estados de Goiás e Mato Grosso. A hipótese adotada no trabalho é que as políticas públicas de agroenergia são direcionadas e são determinantes para o desenvolvimento comercial e industrial da agroenergia, mas o Estado não direciona essas políticas para contribuir com a sustentabilidade rural e regional. Aplica-se uma metodologia própria para análise das interações dos três níveis de governo na consolidação nas cadeias produtivas. Essa metodologia procura identificar e interpretar a tipologia das interações entre as políticas/ações da União, estados e municípios nas três dimensões do enfoque DRS: ambiental, econômica e social. São utilizadas observações de campo, bancos de dados Sidra/IBGE, sobre a produção agrícola, Contas Regionais e Rais/Caged do Ministério do Trabalho, bem como entrevistas abertas com atores locais e gestores públicos. Entre os resultados e conclusões do trabalho destacam-se: uma tipologia de políticas e ações das três instâncias de poder que reforça os interesses de agentes dominantes da área industrial na dinâmica da agroenergia; a manutenção de paradigmas da trajetória de acumulação de terra e renda na agricultura com a agroenergia; a formação de grupos distintos de municípios, com diferentes demandas de políticas públicas; a larga dependência do setor produtivo em relação ao Estado; as fragilidades estruturais e técnicas de pequenos agricultores, fator que facilita a expansão da agroenergia pelo arrendamento da terra. Destaca-se a não convergência da ação estatal nas dimensões social e ambiental, havendo maior efetividade da ação do Estado na isenção de tributos. Apontam-se sugestões de políticas no sentido de convergência com a sustentabilidade nas regiões produtoras.