Os Apinajé nunca deixaram de habitar a região compreendida pela confluência dos rios Araguaia e Tocantins, cujo limite meridional era dado, até o início do século XX,  pelas bacias dos rios Mosquito (no divisor de águas do Tocantins) e São Bento (no Araguaia).

Do ponto de vista da conservação dos ecossistemas locais, a Terra Indígena Apinajé está relativamente bem preservada, tendo se recuperado rapidamente da degradação provocada pela presença de mais de 600 famílias de regionais em suas terras até a demarcação da área em 1985.

A Terra Indígena Apinajé tem a interferência de duas estradas de terra que estão em obras com vistas a seu asfaltamento:

• TO 126: liga os municípios de Tocantinópolis e Itaguatins, passando por Maurilândia, seccionando no sentido norte-sul todo o território em seu lado leste; ao longo de seu eixo estão localizadas as aldeias do PIN Apinajé (Mariazinha, Botica, Riachinho e Bonito);

• TO 134: do município de Anjico ao entroncamento da BR 230, seguindo até Tocantinópolis, sendo, em um trecho, limite sul da área. Esta estrada, asfaltada recentemente, passa a poucos quilômetros da aldeia São José.

Até 1999, a BR 230, mais conhecida como Transamazônica, atravessava o território apinajé aproximadamente por 30 Km e continuava como limite em sua parte oeste. Em junho de 1997 o Ibama interditou as obras da BR 230, em seu trecho Araguatins-Estreito, exigindo o licenciamento ambiental para o prosseguimento das obras. Depois de audiências públicas e de uma paralisação por parte dos Apinajé dos trabalhos de asfaltamento da rodovia, houve a mudança do traçado oficial. Do trevo do Prata, como é conhecido, a BR 230 segue para Nazaré, com o nome de TO 134, de onde segue para o município de Lagoa de São Bento.