O componente subterrâneo desempenha papel importante no funcionamento de ecossistemas, mas tem recebido menor atenção que a parte aérea em vários ecossistemas, em especial no Cerrado, onde têm ocorrido acelerada modificação no uso da terra e grande perda de habitats naturais. Este estudo teve como objetivo comparar a biomassa aérea (vegetação arbórea e arbustiva) e subterrânea, os estoques de carbono e de nutrientes em diferentes áreas de Cerrado. Foram comparadas três áreas do Jardim Botânico de Brasília: cerradão e cerrado sentido restrito (protegido e não protegido do fogo). Além disso, foram comparadas áreas de cerrado sentido restrito (subtipo cerrado típico) sobre distintas classes de solo, (Latossolo Vermelho Escuro do Jardim Botânico de Brasília e Neossolo Quartzarênico nos municípios de Correntina e São Desidério, Bahia). A vegetação lenhosa de cada uma das áreas foi amostrada em 50 parcelas de 20 x 50 m, onde todos os indivíduos lenhosos com diâmetro basal ≥ 5 cm foram mensurados a 30 cm de altura. A biomassa radicular foi amostrada em monólitos de solo com dimensões de 50 x 50 x 30 cm de profundidade em cada parcela onde a vegetação lenhosa foi amostrada. Depois de coletadas, as raízes foram processadas (lavadas e secas a 60°C por 72 h), e então separadas de acordo com classes de diâmetro em finas (Ø < 5 mm), intermediárias (Ø 5-10 mm), grossas (Ø > 10 mm) e miscelânea (partes como xilopódios, bulbos, rizomas, tubérculos). As raízes foram analisadas para determinar as concentrações de N, P, K, Ca, Mg e S. Adicionalmente, fragmentos de carvão que estavam misturados nas amostras radiculares foram separados para quantificar a massa. Amostras de solo foram coletadas em cada uma das parcelas estudas. Cerrado sentido restrito e cerradão não apresentaram diferenças na biomassa total, carbono e nutrientes nos sistemas radiculares até 30 cm de profundidade. Formações vegetais menos densas apresentam maior razão entre componente subterrâneo e aéreo. Em relação às classes radiculares, foi observado a grande importância de raízes finas no cerradão, em contrapartida, raízes grossas foram mais relevante em áreas de cerrado sentido restrito. Classes de solo, não influenciaram de forma significativa os estoques de biomassa aérea e subterrânea em cerrado típico, mas a classe miscelânea (em sua maioria órgãos de reserva) foi mais importante no Neossolo Quartzarênico, possivelmente por apresentar maior incidência de fogo nas áreas amostradas.