A palavra javaé ou javaés é de origem desconhecida, enquanto a palavra karajá seria de origem Tupi-Guarani, com o significado de “mono grande” (macaco guariba), provavelmente atribuída ao povo em questão pelos bandeirantes, que utilizavam a Língua Geral. Xambioá, por sua vez, derivaria da expressão nativa ixy ¹ biawa, “povo companheiro ou amigo”, ou de sy biawa, “outro lugar”.

Como principal autodesignação, os Karajá e Javaé utilizam o termo Iny, palavra que significa “gente” ou “ser humano”. Em seu sentido mais amplo, todos os seres humanos, incluindo os não-índios, são iny (com letra minúscula). Em seu sentido mais estrito (com letra maiúscula), refere-se apenas aos Javaé, embora os Karajá também o utilizem como autodenominação. Os dois grupos se autodenominam Itya Mahãdu (“o povo do meio”), em razão de se conceberem morando no nível intermediário do cosmos, entre o nível subaquático e o nível celeste. Também se autodesignam Ahana Òbira Mahãdu (“o povo de fora” ou “o povo com a face de fora”), em uma referência à ascensão mítica primordial, quando os humanos que moravam no fundo das águas (um espaço fechado, abaixo do leito do rio Araguaia) saíram de baixo para o nível terrestre atual, concebido como um lugar amplo e aberto.