A polinização é feita principalmente por morcegos glossofagíneos, como Glossophaga soricina e Anoura geoffroyi, que são atraídos pelos botões florais. A dispersão de sementes é pouco conhecida, sendo os prováveis dispersores animais de grande porte (Zardo, 2008). Muitos estudos também apontam que os frutos do pequizeiro muito provavelmente eram dispersos pela megafauna, que está quase toda extinta. Hoje, o pequi conta com outros dispersores, incluindo principalmente mamíferos como a anta, o veado mateiro, a cotia e o gambá. Entre as aves estão a ema e a gralha-de-topete.