A permacultura se compara e se relaciona diretamente com a agroecologia. Ambas atualmente são movimentos e ciências sistêmicas que buscam melhorar a vida no campo e na cidade. A agroecologia, enquanto ciência, se ocupa do estudo dos sistemas agroalimentares. A permacultura trabalha não só planejamento do espaço onde se incluirá a melhor forma de produzir alimentos em sintonia com a natureza, mas também, a melhor forma de construir e morar, de gerar e armazenar águas e energias, de evitar desastres, de se organizar e se relacionar com demais humanos e com a natureza em sintonia com ela. Como foi bem colocado por Ferguson e Lovell (2014), agroecologistas “colaboram como produtores tradicionais e movimentos agroecológicos. A permacultura é um desses movimentos agroecológicos, com uma ampla distribuição internacional e uma abordagem única ao design de sistemas”, no entanto, apesar de “a permacultura se manter relativamente isolada da pesquisa científica” (FERGUSON & LOVELL, 2014) até o momento, ela se apresenta como uma das melhores formas para a transição em direção à agroecologia por ensinar como fazer o planejamento do espaço e como agir.