A primeira menção direta aos Kaiabi em um documento escrito apareceu em 1850, com a publicação dos relatos do viajante francês Francis de Castelnau. Em 1844 Castelnau esteve em Diamantino, MT, onde entrevistou índios Apiaká e aventureiros que percorreram a região dos rios Arinos e Teles Pires dando notícias de uma “tribo hostil”, denominada em seu texto como Cajahis. A partir dessa data, vários outros documentos fazem referência aos Kaiabi, utilizando diferentes grafias para o nome: Cajahis, Cajabis, Kajabi, Caiabis, Cayabi, Kayabi etc. Atualmente os professores indígenas do grupo decidiram optar pela grafia Kaiabi e por esse motivo a empregamos neste texto.

A origem do nome Kaiabi perde-se no tempo e hoje os próprios índios não sabem dizer de onde surgiu e qual seu significado. É provável que seja a forma pela qual os Apiaká ou os Bakairi, que representam as primeiras fontes de informação sobre os Kaiabi no século XIX, a eles se referiam. Certamente não se trata de auto-denominação do grupo. Georg Grünberg, um etnógrafo que pesquisou os Kaiabi nos anos 60, sugere que a auto-denominação seja o termo iputunuun, que significa algo como “o nosso pessoal” (1970: 120).